京都皇宫以南都皇宫为蓝本，规模稍大。新修的京都城周长四十五里，呈规则的方形，符合《周礼·考工记》中理想的都城的形制。

明成祖下诏正式迁都，改金陵应天府为南都，改京都顺天府为京师，但在南都仍设六部等中央机构，称南都某部，以南都为留都。

紫禁城建成后，明清宫廷五百多年的历史，包含了帝后活动，等级制度、权力斗争、宗教祭祀等。

永乐十八年，京都宫殿竣工。次年发生大火，前三殿被焚毁。

正统五年，重建前三殿及乾清宫。

天顺三年，营建西苑。

经历永乐、洪熙、宣德、正统四代，整20年。

嘉靖年间，也就是修道皇帝，紫禁城大火，前三殿、奉天门、文武楼、午门全部被焚毁。

至嘉靖四十年（才全部重建完工。

嘉靖时期，故宫三大殿名称改为皇极殿、中极殿、建极殿。

到了万历朝，紫禁城大火，焚毁前三殿、后三宫。

复建工程直至天启年方完工。

在明朝，乾清宫是皇帝的主要寝宫，也是主要政治活动场所。

自永乐皇帝朱棣至崇祯皇帝朱由检，共有14位皇帝曾在此居住。

由于宫殿高大，空间过敞，皇帝在此居住时曾分隔成数室。

据记载，明代乾清宫有暖阁9间，分上下两层，共置床27张，后妃们得以进御。

由于室多床多，皇帝每晚就寝之处很少有人知道，以防不测。

皇帝虽然居住在迷楼式的宫殿内，且防范森严，但仍不能高枕无忧。

据记载，嘉靖年间发生“壬寅宫变”后，世宗移居西苑，不敢回乾清宫居住。

一群宫女差点勒死皇帝，要不是女人手劲儿小，说不一定就成功。

万历帝的郑贵妃为争皇太后闹出的“红丸案”、泰昌妃李选侍争做皇后而移居仁寿殿的“移宫案”，都发生在乾清宫。

明代乾清宫也曾作为皇帝守丧之处。

清朝时期，李自成军攻陷京都，明朝灭亡，但李自成很快被清军在山海关击败。

李自成向陕西撤退前焚毁紫禁城，仅武英殿、建极殿、英华殿、南薰殿、四周角楼和皇极门未焚，其余建筑全部被毁。

随后，清军进入京都，紫禁城被清军接管。

接着，清世祖顺治帝迁都京都。

然后，顺治帝在太和门向全国颁布登基诏书，清王朝正式定都京都。

此后历时14年，将中路建筑基本修复。

康熙年代，天下逐渐太平，于是开始重建紫禁城其余被毁部分建筑，至康熙三十四年才基本完工。

清朝入关之后，依照明朝的旧例，顺治帝和康熙帝都将乾清宫作为居住和处理朝政的主要场地。

雍正帝即位之后，开始移居养心殿。

养心殿位于紫禁城内廷、乾清宫西侧，始建于明朝嘉靖年间。

起初，它并不是皇帝的寝宫。清康熙时期，内务府在此设置专为皇室造办宫廷活计的诸多作坊，称“养心殿造办处”。

康熙皇帝去世后，即位的雍正皇帝并没有搬到乃父的寝宫乾清宫去住，而是将西侧遵义门内暂时用作为父守孝之“苫次”的养心殿辟为皇帝寝宫。

从此，养心殿开始成为皇帝居住和清朝朝政的主要处理地点，此后军机处设立之后办公地点也在养心殿附近。

乾隆帝即位之后，对养心殿殿区进行了大规模的扩建和改建，逐渐形成了一定的规制。

从雍正帝之后，乾隆、嘉庆、道光、咸丰、同治、光绪、宣统八位皇帝都在此居住。

一直到宣统帝被冯玉祥赶出紫禁城。