小智和莎莉娜决定，先回学校。

结果派帕告知，新的宝主出现了。

于是，小智和莎莉娜马不停蹄地赶到了新宝主所在的地方。东第三区。

小智派出踊跃鸭和炙烫鳄以及电海燕三只神奇宝贝出来特训，随后，与潜刚宝主进行一番激战后，打败了拖拖蚓。

随后，小智和莎莉娜来到了毒帮班的驻地。

在毒帮班的帮助下，小智的神奇宝贝们经过高强度特训已经完全进化到最终形态了。

挑战了超能系的道馆后，小智和莎莉娜遇见了铁辙迹，打败铁辙迹后，到了妖精帮班的地方。

喷火龙他们的教学已经完成，奥尔迪加将战车重新加固改装了一下，让小智的神奇宝贝可以将能量转化为动力。

同时，武藏和小次郎已经造好了最新版的暴龙机负责容纳汉克兽。

随后，小智和莎莉娜在故勒顿和密勒顿的帮助下，来到了冰系道馆所在，拿到了徽章。

最后，小智和莎莉娜在派帕的引导下，找到了最后的伪龙宝主。

打败了全部的宝主，让故勒顿和密勒顿恢复了除了战斗以外的全部能力。

最后，去看望最后一个老大的驻地后，得知其他的灾厄神奇宝贝的封印并没有出现问题。

于是，小智和莎莉娜回到了学校。

由于小智的神奇宝贝数量依旧是不足，所以，小智开始搜集强大的神奇宝贝的资料。

与此同时。

佐天泪子打败了这个世界的牡丹，获得了两个牡丹的认可。

随后，佐天泪子就去找也慈了。

帕底亚巨坑外。

受到核废水的影响，神奇宝贝们开始狂躁起来了。

“看起来，事情大条了。”

牡丹通过附近的监控，给大家播放具体情况。

“这个核废水真是太厉害了。”

毒帮班的秋明老大眉头紧缩。

“确实，这个危害程度超过了我们所有人的预设，必须想到解决的办法。”

梅洛可点了点头。

“关于这一点，我已经有了想法，或许，帕底亚巨坑内，有解决的办法。”

牡丹说着，打开了一份文件。

“从帕底亚巨坑中，我发现将这几种食材合在一起，或许可以解决这次的危机。”

“但是那个地方危机重重，还是。”

“让那个世界的世界冠军出马，效果可能会更好。”

牡丹已经有了决断了。

“我们一定会撑到那个时候的，老大。”

所有老大纷纷回到自己的驻地。

学都许多有能力的同学都去往天星队驻地主动镇守。